中心实行“专家咨询委员会＋首席科学家”双轨治理模式，形成 “战略把关、学术引领、统筹推进、高效执行”的运行机制。专家咨询委员会负责中心中长期发展规划、重点科研布局和重大项目的咨询评议，提供前瞻性战略指导；首席科学家和中心主任统筹科研方向凝练、发展战略制定与团队建设，执行主任负责日常运行、重大项目组织实施、平台建设、人才引育、资源整合、安全与经费管理、对外合作及成果转化等工作。与此同时，中心实行独立核算、统筹配置、规范高效的财务管理机制，为重大科研任务实施、平台建设和人才引育提供有力保障。